Dass sie viele Vorteile haben, liegt auf der Hand. Die längere Kompilierzeit ist eigentlich der einzige Nachteil, der mir einfällt...
Hmm, wenn du Make oder ähnliches benutzt, ist das Problem aber relativ klein. In diesem Fall werden ja nur die geänderten Dateien neu übersetzt. Mithin ist die längste Phase bei mir immernoch das Linken. Deswegen wurde bspw.
gold entwickelt. Sprich: eigentlich wird der spürbare Nachteil eher kleiner je mehr sich Linker entwickeln und je schneller Rechner werden.