auch beim Wechsel von XP nach Vista sind einige Folder pfadmäßig umgezogen, aber wo liegt das Problem, solange Deine Anwendungen über die CSIDL's zugreifen verwenden sie doch unter den den verschiedenen Versionen trotzdem definierte Ordner, dh. wenn Anwendung A etwas unter X ablegt wird Anwendung Y dies auch dort finden.
Ok, bei den Setups mag es etwas lästig sein, wenn die Pfade nicht sicher erkennbar sind.