Hast Du den Artikel genau gelesen? Wahrscheinlich nicht, denn dann hättest Du gesehen, daß die Funktion
InternetSetOption genau das macht, was Du möchtest: (Unter anderem) die Proxy-Einstellungen für
Dein Programm ändern - unabhängig von IE-Instanzen anderer Anwendungen.
Das ganze läßt sich mit knapp 30 Programmzeilen umsetzen (plus der Typdefinitionen). Läuft bei mir super...