Ich persönlich verwende gerne
HTML, das ist so universiell, dass man es in Word importieren, als pdf exportieren oder später in ein chm file kompillieren kann. Eventuell sogar eine Online-Hilfe?
Ich würde sagen, für umfangreiche Programme ist chm das üblichere Format, für kleine Tools eher ein pdf.
Der Vorteil bei chm ist, dass wenn man es richtig macht, der User ganz einfach mit dem Index durchblättern kann.
Bei PDF muss er das ganze Dokument durchackern.
ABER: Je nach Programm kann es auch wichtig sein die Anleitung auch ausdrucken zu können. (daher eher PDF).
PS: Das chm-Format ist eigentlich recht aktuell. Es wird sogar von M$ empfohlen.