Du meinst, dass der linke Container bei dir um ein paar Pixel nach unten versetzt war?
Du kannst mal probieren, was passiert, wenn du den Doctype für deine
HTML-Datei angibst (erste Zeile aus meiner
HTML-Datei). Der IE interpretiert manche Angaben abhängig vom gesetzten Doctype unterschiedlich, evtl. würde das sogar dein Problem beheben...