Ich hab' nicht genau durchschaut, was Du da tust, mir ist aber etwas aufgefallen.
Im Thread deklarierst DuIm execute rufst DuMainForm.UpdatePDH(PDHInfo); auf. Das finde ich etwas komisch. Bei der Variante FreeOnTerminate machst Du PDHInfo platt, obwohl Du evtl. noch im synchronize() steckst, das ist riskant. Ob das auch ohne FreeOnTerminate so ist, kann ich nicht überblicken, aber generell: eine private-Variable eines nachgeordneten Thread an den Hauptthread zu übergeben ist mir unheimlich.
Warum deklarierst Du PDHInfo nicht public im HauptThread?

Den Aufruf von PDHCloseQuery etc. bekommst Du meiner Meinung nach hin, indem Du die while not-Schleife in eine try..finally-Struktur packst - jedenfalls mache ich das so. Dann kannst Du im finally reproduzierbar aufräumen.

Grüße, Messie