Es mag Controller geben, die USB beherrschen, ich kenne jedoch keinen.
Bei einigen kann man die eigentlich zur Diagnose und Konfiguration bestimmte USB-Schnittstelle dazu verwenden (Mitsubishi z.B.).
Ich habe jedoch festgestellt, dass immer mehr Hersteller zusätzliche Bussysteme unterstützen. Wo vor ein paar Jahren nut EtherCAT drinnen war, gibt es heute mehrere Optionen mit EtherCAT, Profinet und CANopen (nur als Beispiel).
Das liegt auch daran, dass es immer mehr fertige Kommunikationsmodule gibt, die viele Protokolle unterstützen. Dieser Chip ist ein gutes Beispiel dafür:
http://de.hilscher.com/netx_uebersicht_einfuehrung.html
Entsprechend gibt es bei diesem Hersteller eine Familie von PC-Steckkarten, mit denen man mit einer
API diverse Bussysteme ansprechen kann.