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Warum lässt du nicht den Benutzer die Programme beenden?

Wenn der Updater das Update durchführen will, dann zeigst du den User einen Dialog mit den noch geöffneten Programmen, welche geschlossen werden müssen.
Wenn er die nicht schließen will, startest du einfach das Update nach einen Reboot.

Mal abgesehen davon, wann und wie holst du die Adminrechte für die Installation der Updates?
Kann überhaupt jeder User updaten (hat jeder Adminrechte)?