Eben. Da man kein Zielfenster angeben kann, reagieren alle Fenster, die diese Nachricht behandeln auf die Nachricht und beenden sich.
Application.Handle ist doch das Zielfenster und TApplication behandelt WM_ENDSESSION. Natürlich sollen alle Fenster der anwendung von der Nachricht etwas mitbekommen, damit sie sich ordentlich beenden können. Das ist ja das Ziel dieser ganzen Aktion.
Andere Anwendungen bekommen aber von der Message nichts mit.