Schon mal mit
UAC und den hier vorhanden virtualen Dateizugriff beschäftigt?
Dann sollte die Antwort klar sein.
Am besten sorgst du dafür das dein Programm ein vista/Win7 erweitertes Manifest hast und diese virtualisierung ist für deine Anwendungen deaktiviert. Dafür bekommst du auch braf die meldung das du unter C:\Windows keine Datei erstellen/ändern/löschen kannst.