Sie liegen, anders wäre es auch ein wenig umständlich, in der .htaccess. Aber scheinbar doch hängt es am Apache, da wenn ich ihn neu starte, auch die neuen Regln verwendet werden.
Guck mal ob es was bring direkt apache2ctl zu benutzen anstatt das Init-Skript (bspw "apache2ctl graceful").
Ansonsten habe ich keine Ideen mehr.