Wie Bernhard schon sagte,
HKLM benutzen.
UAC scheint in der Tat das echte Adminkonto zu nutzen, weshalb sich auch
HKCU unterscheiden würde (in Wirklichkeit sind diese Wurzelschlüssel der Registry ohnehin nur vorgekaukelt). Aber vielleicht hilft hier auch ein Blick auf:
Vista Integrity Levels.
Übrigens:
SuRun umgeht das Problem elegant. Lies es dir mal auf Kay's Seite durch.