Liegen die Rewrite-Rules in einer .htaccess-Datei oder in der Server-Config selbst? Erste sollten eigentlich vom Apache geupdatet werden, sprich "das kann eigentlich nicht sein".
Konfigurationen in der Server-Konfiguration selbst (/etc/apache2/ + includes) werden erst nach einem restart oder reload (/etc/init.d/apache2 reload) neu geladen.
Liebe Grüße,
Valentin