Die Ausrichtung (Alignment) der Strukturen ist eine andere. Schau mal, wie groß deine Strukturen in 64 und 32bit sind mit sizeof(). Bei 64bit brauchen solche Strukturen oftmals mehr Speicher als im 32bit Zielprozess allokiert wurde. WM_COPYDATA ist doch
DDE?! Die Daten sind doch für den Zielprozess als Readonly zu betrachten, ich glaube daher nicht, dass Windows die Daten irgendwie konvertiert (außer in den Prozess zu kopieren).