"Binär speichern" ist für mich schon korrekt. D.h. die Daten werden 1:1 gespeichert ohne irgendwelchen überflüssigen Krams (Zeilenumbrüche etc). Binäre Dateien sind daher meist auch kleiner als Dateien, die z.B. im
ASCII-Format gespeichert werden, jedoch ohne weiteres nicht editierbar.
Natürlich hast du Recht, dass im Endeffekt alles nachher irgendwie binär auf der Festplatte landet, aber "binär speichern" heißt für mich, dass ich die Daten nunja binär speichere ohne sonstige Informationen. D.h. natürlich auch, dass das Auslesen nur dann funktioniert, wenn man den Aufbau der Binärdatei kennt. Sonst kann man mit einer Binärdatei nichts anfangen.
Ich speichere z.B. Messwerte gerne binär, da das u.a. aus den genannten Gründen viel schneller geht (ja, da haben wir wieder diese Wortkombination *g*).
Hersteller von Programmiersprachen, Compilern & Co. verwenden diese Begriffe übrigens genauso wie einige hier.