"An Algorithm for Differential File Comparison" sollte der Algorithmus sein, den du brauchst.
Sollte schon die üblichen Optionen haben
Whitespace ignorieren, Leerzeilen ignorieren, Groß Klein schreibung im Sourcecode ignorierer.
Wenn du das haben willst, solltest du die Codes vor dem Vergleichen irgendwie normieren (z.B. Kleinschreibung, Leerzeichen und Tabs auf ein Leerzeichen zusammenziehen, usw.).