Die Idee ist nicht übel.
Nutzt du da eine Linux-Distribution oder was hast du da?
Denn ob Linux das zuverlässig macht, bezweifle ich etwas, da Linux nicht weiß, welche Dateien in Windows zusammengehören, oder?
Was hat das Dateisystem mit dem Betriebssystem zu tun?
Solange die Distribution und der Defragmentierer mit dem Dateisystem (wahrscheinlich NTFS) klarkommen, sollte das doch kein Problem darstellen...