Da hast Du wahr! Ich vermute auch eher ein Problem beim Windows selbst, als dass der AppServer der Schuldige ist. Wenn man allerdings "ntdll.dll lock" bei google eingibt wird man mit Problemen unterschiedlichster Art zugeschmissen.
Im Zweifelsfall und bevor Mannwochen investiert werden, würde ich erstmal eine Art Ersatzserver mit Windows völlig neu aufsetzen und dort ebenfalls MS-
SQL und den AppServer draufpacken und schauen ob es damit funktioniert.