Moinsen,
dann würde ich im ersten Schritt mal versuchen Deinem Programm die ntdll.dll nicht aus dem Windows-Verzeichnis zur Verfügung zu stellen. Kopier sie doch einfach mal in Dein Programmverzeichnis, dort sucht die Anwendung zuerst bevor die Windows-Verzeichnisse abgeklappert werden. Aber glaube kaum, dass es sich auf eine
DLL minimieren lässt.
Andere Option wäre mal den Hersteller des AppServers zu kontaktieren und nach das merkwürdige Verhalten zu hinterfragen.