InstallShield kann schon seit Jahren mit den Windows-Pfaden umgehen, wir bis vor kurzem noch ein Uralt-IS (glaub sogar Express) aus der Zeit von Delphi 5 oder 6 im Einsatz gehabt und konnten damit problemlos auch auf Vista/7 installieren (inkl. Dateien, welche in die "Common Appdata" mussten, welche unter XP unter All Users\Anwendungsdaten\ und unter 7 in ProgramData verweilen). Also irgendwas musst du da falsch gemacht haben
Setzen übrigens aktuell auf IS 2010 und bauen damit
MSI-Only-Installer ohne Probleme.