Wenn du auf einen neuen Installer ausweichst, dann empfehle ich dir einen zu nutzen, welcher auf dem Windows Installer basiert.
Hat viele Vorteile das Ding. Reparaturinstallationen, Transaktionen während der Installation, Patches und kann von Admins prima in Netzwerken verteilt werden.
Dafür gibt es auch kostenlose Tools, wie z.B. den WIX.
http://wix.sf.net
btw. ich kann mir nicht vorstellen, dass Installshield 2008 das nicht kann. Nutzt ihr es vielleicht falsch? Keine Pfadkonstanten genutzt (wenn es die dort gibt)?