Man kann via
FTP auch nur Dateiteile auslesen ... du könntest also auch versuchen nur die EXE-Header runterzuladen (sind ja nur ein paar Byte), suchst darin die Position der Resourcen, lädst diese ebenfalls runter und suchst dann darin die VersionInfo-Resource.
Oder wenn man auf dem Server ein Programm/Script ausführen kann (z.B. via HTTP), dann könnte man dieses nach der Version fragen.