Ich bin mir nicht sicher ob ich das Problem richtig erkannt habe. So auf den ersten Blick erscheint eine mögliche Lösung dazu doch sehr simpel zu sein:
Wenn du den Header noch nicht gesendet hast, kannst du doch einfach einen Redirekt auf eine garantiert nicht vorhandene Seite wie zb.
Code:
header("Location: http://www.meineseite.com/nichtvorhanden.html")
ausführen. dann greifen auch allfällige Fehlerseitendefinitionen in der htaccess Datei