Am Einfachsten die Dateien in ein temporäres Verzeichnis via
MoveFile verschieben
wenn das Verzeichnis leer ist, dann (falls es kein Rootverzeichnis ist) das Verzeichnis löschen und neu erstellen.
Danach dann alle Dateien in der gewünschten Reihenfolge wieder zurückverschieben.
MoveFile verschiebt nur die Dateiverknüpfung (solange die Datei auf dem selben Datenträger verbleibt) und somit sollte dieses recht flott erledigt sein.