Wenn man davon ausgeht das große Dateien die Datenbank langsamer machen würde ich auch eine Mischlösung bevorzugen. Wenn du Daten in der Datenbank speicherst hast du den Vorteil das du per Datenbankabfrage auch nach dem Inhalt von Dateien suchen kannst.
Den Punkt der Datensicherung würde ich vernachlässigen je nachdem wie der Zugang zum Server aussieht. Wenn man ein Script hat ist es eigentlich unerheblich ob es ein Verzeichnis sichert (wo die
mysql-Daten liegen) oder ob es noch zusätzlich ein weiteres Verzeichnis ins Backup hinzufügt.